رهبری سید علی خامنه ای به ایستگاه سی امین سال رسید. او بعد از سلطان قابوس پادشاه عمان، طولانی ترین دوران زمامداری در حکومت های غیر دمکراتیک کنونی دنیا را تجربه کرده است و به گونه ای می توان گفت بیشترین اختیارات فردی در حوزه حکمرانی را نیز دارد که هم حوزه عرفی و این جهانی را در بر می گیرد و هم عرصه های مذهبی و ماوراء طبیعی.
رهبری خامنه ای که نقطه شروع آن تصادفی بود، به سرعت و ظرف چند روز پایه گذاشته شد. تحمیل استعفا به آیت الله منتظری از قائم مقامی رهبری از سوی آیت الله خمینی خلاف قوانین جمهوری اسلامی بود. مجلس خبرگان نیز تا زمان مرگ بنیانگذار جمهوری اسلامی استعفای فوق را نپذیرفت و دخالت آیت الله خمینی هم ناموجه وخلاف قانون بود. اکثریت نمایندگان مجلس نیز ناخرسند و مسئله دار بودند که با توضیح و تذکر آیت الله خمینی به وساطت پسرش سید احمد همراه شد.
سید احمد خمینی و برخی از نزدیکانش در جناح چپ تصور فوت آیت الله خمینی در آینده نزدیک را نداشتند و بعد از آسودگی خاطر ناشی از حذف آیت الله منتظری بر طبق برخی از شواهد و گمانه ها در حال زمینه سازی برای جانشینی سید احمد خمینی بودند. پیش تر احمد خمینی به آیت الله منتظری پیشنهاد تفکیک ولایت به حوزه سیاسی و مذهبی را داد تا خود ولی سیاسی شود که با پاسخ منفی آیت الله منتظری مواجه شده بود. اما درگذشت آیت الله خمینی بعد از هفته از کناره گیری تحمیلی آیت الله منتظری وضعیت تازه و در عین حال نگران کننده ای را برای بلوک قدرت رقم زد.
اکبر هاشمی رفسنجانی فعالترین فرد در مدیریت تعیین جانشینی بود و رایزنیهای وی با اعضا جامعه مدرسین حوزه علمیه قم ، دفتر آیت الله خمینی و هیات رئیسه خبرگان باعث شد تا شورای رهبری به عنوان گزینه اول مد نظر باشد. در عین حال وی نیمنگاهی نیز به نشاندن سید علی خامنه ای بر کرسی رهبری داشت. وی مدعی است آیت الله خمینی چنین نظری داشته است؛ امری که تا کنون مستند قابل اعتنائی در خصوص آن ارائه نشده و برخلاف وصیت نامه آیت الله خمینی است.
اما تشکیل مجلس خبرگان معادلات را تغییر داد. طرح رهبری شورائی و یا انتقال ولایت به آیت الله گلپایگانی رای نیاورد. همچنین شایع است برای رهبری سید احمد خمینی نیز نظر خواهی می شود که پاسخ مثبت گرفته نمیشود. با فشار برخی از نمایندگان از جمله سید محسن مجتهد شبستری پیشنهاد رهبری خامنه ای طرح شده و در ادامه با میدانداری اکبر هاشمی رفسنجانی و طرح خاطره از آیت الله خمینی نسبت به نظر مثبت به خامنه ای برای ولایت فقیهی در حالی که در شورای بازنگری قانونی اساسی نیز بحث ها برای حذف شرط مرجعیت برای تصدی ولایت فقیه انجام شده بود، وی به عنوان ولی فقیه دوم برگزیده شد.
فیلم منتشر شده از لحظات انتخاب و سخنان خامنه ای پیش از رای گیری روشن می سازد که وی از همان ابتدا اتمام حجت می کند که ولی فقیه نمایشی و یا در سایه نخواهد بود و خواهان حکمرانی مطلقه و مشابه ولی فقیه اول است.
بدین ترتیب وی بعد از رهبر شدن در یک برنامه چند مرحله ای کوشید تا موقعیت خود را در نهاد ولایت فقیه تثبیت کرده و سپس مدل رهبری مطلقه را پیاده ساخته و مخالفان و رقبای درون حکومتی خودش را نیز حذف و یا به حاشیه براند. در عین حال وی سعی کرد خشونت دولتی به اندازه زمان آیت الله خمینی نباشد اما فضای سیاسی و فرهنگی کماکان بسته باقی بماند. او همچنین کوشید تا نهاد ولایت فقیه را گسترش سازمانی و حقوقی بدهد و از حالت دفتر یک مرجع خارج سازد.
سوابق خامنهای در دوران ریاست جمهوری که به طور نسبی معتدل تر از دیگر کارگزاران ارشد نظام بود و همچنین تعامل وی با برخی از روشنفکران و شعرا در پیش از انقلاب و اهتمامش به مباحث فکری و ادبی این امید را در جامعه به وجود آورد که دوران رهبری وی نظام سیاسی به سمت میانه روی حرکت کند. اما حمایت جناح راست و پایگاه اجتماعی بنیادگرایی اسلامی شیعه محور و تاثیرات قدرت باعث شد وی به سرعت تغییر رویه داده و شخصیت رهبری خود را در جایگاه یک فرد مستبد و انحصارطلب که تحمل مخالفت و چند صدایی را ندارد، تثبیت سازد.
ابتدا وی در شراکت با اکبر هاشمی رفسنجانی جناح چپ که رقیب وی در دهه شصت بوده و اقتدارش در ریاست جمهوری را برنتافته و با او مشکل جدی داشتند، را از سطح اول قدرت به حاشیه راند. همچنین از همان آغاز کار خود شخصا فرماندهی نیروهای نظامی را بر عهده گرفت و قائم مقامی رفسنجانی در فرماندهی کل قوا را نپذیرفت. خامنهای از ابتدا حکمرانی اش را بر استفاده از ظرفیتهای سپاه و مداخله نهادینه آن در سیاست بنا کرد. بعد از حذف جناح چپ نظام از مصادر اصلی قدرت، در دوره دوره ریاست جمهوری رفسنجانی به سراغ کاهش قدرت و تضعیف موقعیت یار و همراه قدیمی رفت. در واقع سال ١٣٧٢ نقطه عزیمت خامنهای در رهبری یکه تازانه است.
اما پایان ریاست جمهوری رفسنجانی با برآمدن جنبش اصلاحی دوم خرداد مواجه شد که محاسبات خامنهای را برهم زد و او مجبور به مقابله با چالش حاکمیت دوگانه و زورآزمائی با جناح چپ شد که به مقاومت محدود در برابرروی آورده و با چهره جدیدی به سیاست بازگشته بودند. این دوران اگرچه در ابتدا رهبری مطلقه خامنه ای را تهدید جدی کرد و اوج آن در جنبش اعتراضی ١٨ تیر بود که وی به صورت تاکتیکی در برابر دوربین های تلویزیونی گریه کرد، اما پایان نافرجام آن جنبش وموفقیت خامنهای در مهار جنبش اصلاحی دوم خرداد وضعف خاتمی باعث شد تا اعتماد به نفس وی افزایش چشمگیری پیدا کرده و از سال ٧٨ به بعد با شدت بیشتری مداخله در تعییین خطوط اصلی نظام و هدایت کشور را ادامه دهد. با اتکا به این تجربه وی جنبش سبز را سرکوب کرد. همچنین نافرمانی و تحرکات تقابلی محمود احمدی نژاد را خنثی ساخت.
طولانی شدن رهبری خامنه ای و افزایش مهارت و توان وی در نقش آفرینی سیاسی عاملی مهم در تداوم ساخت مطلقه قدرت در ایران است. وی همه تصمیمات نظام سیاسی را نمیگیرد اما بیشترین تاثیر را در سیاست گذاری نظام دارد و توانسته بین جناح های مختلف در درون نظام توازنی به نفع دیدگاه ها و رویکرد ایدئولوژیک نظام برقرار سازد و معادلات قدرت به گونه ای تنظیم شود که جایگاه کانونی وی در قدرت صدمه نبیند. البته تصادف و بخت هم در این موفقیت تاثیر زیادی داشته است.
علی رغم اینکه شایعات زیادی در خصوص بیماری وی مطرح است، اما بررسی حالات رفتاری و حجم فعالیتهای روزانهاش نشان میدهد که وی دستکم بیماری سخت و لاعلاج ندارد و اگر موازنه قوای موجود بین مردم و حکومت دستخوش تغییرات بزرگ نشود رهبری وی این پتانسیل را دارد که دهه چهارم حیات خود را نیز طی کند. او اکنون تمام نیروهای داخل نظام را مطیع خود ساخته است.
ولی موقعیت شکننده کنونی اقتدار حکومت ، فشارهای سنگین داخلی و خارجی، ابرچالش های متعدد و کاهش آستانه تحمل جامعه موانع بزرگی هستند که می توانند در شرایطی باعث شوند پایان رهبری وی لزوما با پایان عمرش همراه نبوده و سرنوشتی شبیه قذافی و یا حسنی مبارک ، صدام حسین و بن علی پیدا کند